RaTG13 & 2019-nCoV. (15) [*]

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Come casi confermati di un nuovo impeto di virus in tutto il mondo con una velocità preoccupante, finora tutti gli occhi si sono concentrati su un mercato del pesce a Wuhan, in Cina, come origine dell’epidemia.

Ma una descrizione dei primi casi clinici pubblicati su The Lancet on Friday contesta tale ipotesi.

L’articolo, scritto da un folto gruppo di ricercatori cinesi di diverse istituzioni, offre dettagli sui primi 41 pazienti ricoverati in ospedale che avevano confermato infezioni con quello che è stato soprannominato ‘sequenza’ 2019 coronavirus (2019-nCoV).

Nel primo caso, il paziente si è ammalato il 1° dicembre 2019 e non ha riportato alcun collegamento con il mercato del pesce, secondo gli autori.

“Nessun legame epidemiologico è stato trovato tra il primo paziente e casi successivi”,

…affermano.

I loro dati mostrano anche che, in totale, 13 dei 41 casi non avevano alcun legame con il mercato.

“Questo è un gran numero, 13, senza alcun collegamento”,

…afferma Daniel Lucey, uno specialista in malattie infettive presso la Georgetown University.

Precedenti rapporti delle autorità sanitarie cinesi e dell’Organizzazione mondiale della sanità avevano affermato che il primo paziente aveva manifestato sintomi l’8 dicembre 2019 e che tali rapporti affermavano semplicemente che

“la maggior parte dei casi aveva collegamenti con il mercato del pesce, che è stato chiuso il 1 ° gennaio”.

Lucey afferma che se i nuovi dati sono accurati, le prime infezioni umane devono essere avvenute a novembre 2019 - se non prima - perché c’è un tempo di incubazione tra infezione e affioramento dei sintomi. In tal caso, il virus potrebbe diffondersi silenziosamente tra le persone a Wuhan - e forse altrove - prima che il gruppo di casi provenienti dall'ormai famigerato mercato all'ingrosso di frutti di mare dell'Huanan fosse scoperto alla fine di dicembre.

“Il virus è entrato in quel mercato prima che uscisse da quel mercato”,

…afferma Lucey.

I dati del documento Lancet sollevano anche domande sull’accuratezza delle informazioni iniziali fornite dalla Cina, afferma Lucey.

All’inizio dell’epidemia, la principale fonte ufficiale di informazioni pubbliche erano le comunicazioni della Commissione sanitaria municipale di Wuhan. Le comunicazioni dell’11 gennaio hanno iniziato a riferirsi ai 41 pazienti come gli unici casi confermati e il conteggio è rimasto invariato fino al 18 gennaio. Le comunicazioni non affermavano che il mercato dei frutti di mare fosse la fonte, ma hanno ripetutamente osservato che non vi erano prove di trasmissione da uomo a uomo e che la maggior parte dei casi era collegata al mercato. Poiché la Commissione Sanitaria Municipale di Wuhan ha osservato che i test diagnostici avevano confermato questi 41 casi entro il 10 gennaio e presumibilmente i funzionari conoscevano i casi clinici di ciascun paziente,

“la Cina deve aver capito che l’epidemia non ha avuto origine nel mercato del pesce di Wuhan Huanan”,

…afferma Lucey a Science insider. (Lucey ha anche parlato delle sue preoccupazioni in un’intervista pubblicata ieri da Science Speaks, un progetto dell’Infectious Disease Society of America.)

Kristian Andersen, una biologa evoluzionista dello Scripps Research Institute che ha analizzato le sequenze del 2019-nCoV per cercare di chiarirne l’origine, afferma che il calendario del 1° dicembre del primo caso confermato è stato “un boccone interessante” nell’articolo di The Lancet.

“Lo scenario di qualcuno che è stato infettato al di fuori del mercato e che successivamente lo ha portato sul mercato è uno dei tre scenari che abbiamo considerato che è ancora coerente con i dati”,

…afferma.

“È del tutto plausibile dati i nostri dati e le nostre conoscenze attuali”.

Gli altri due scenari sono che l'origine era un gruppo di animali infetti o un singolo animale che è entrato in quel mercato.

Andersen ha pubblicato la sua analisi di 27 genomi disponibili di 2019-nCoV il 25 gennaio su un sito Web di ricerca virologica. Suggerisce di avere un

“antenato comune più recente, ovvero una fonte comune, già dal 1° ottobre 2019”.

Bin Cao della Capital Medical University, corrispondente autore dell’articolo di  The Lancet  e specialista polmonare, ha scritto in una e-mail a  Science Insider che lui e i suoi coautori

“apprezzano le critiche” di Lucey.

“Ora sembra chiaro che [il] mercato del pesce non è la sola origine del virus”, ha scritto.

“Ma ad essere sinceri, non sappiamo ancora da dove provenga il virus”.

Lucey osserva che la scoperta del coronavirus che causa la sindrome respiratoria del Medio Oriente, una malattia a volte fatale che si verifica sporadicamente, è arrivata da un paziente in Arabia Saudita nel giugno 2012, anche se studi successivi hanno fatto risalire a un precedente focolaio ospedaliero di polmonite inspiegabile in Giordania nell’aprile 2012. 

Quando è diventata disponibile la prima sequenza 2019-nCoV, i ricercatori l’hanno posizionata su un albero genealogico di coronavirus noti - che sono abbondanti e infettano molte specie - e hanno scoperto che era strettamente correlata ai parenti trovati nei pipistrelli.

Un team guidato da Shi Zheng-Li, uno specialista di coronavirus presso l’Istituto di Virologia di Wuhan, ha riferito il 23 gennaio su bioRxivche la sequenza 2019-nCoV era simile al 96,2% simile a un virus di pipistrello e presentava una somiglianza del 79,5% con il coronavirus che causa una sindrome respiratoria acuta grave (SARS), una malattia il cui focolaio iniziale è stato anche in Cina più di 15 anni fa. Ma il coronavirus SARS ha una relazione altrettanto stretta con i virus dei pipistrelli, e i dati di sequenza dimostrano che è saltato nelle persone da un coronavirus in zibetti che differivano dai virus SARS umani di appena 10 nucleotidi. Questo è uno dei motivi per cui molti scienziati sospettano che vi sia una specie ospite ‘intermedia’ o più tra i pipistrelli e 2019-nCoV.

Secondo l’analisi di Bedford, la sequenza di coronavirus del pipistrello evidenziata dal team di Shi Zheng-Li, soprannominato RaTG13, differisce dal 2019-nCoV da circa 1100 nucleotidi. Su nextstrain.org, un sito da lui co-fondato, Bedford ha creato alberi genealogici di coronavirus (esempio sotto) che includono sequenze di pipistrelli, zibetto, SARS e 2019-nCoV. (Gli alberi sono interattivi: trascinando il mouse del computer su di essi, è facile vedere le differenze e le somiglianze tra le sequenze.)

Le analisi di Bedford su RaTG13 e 2019-nCoV suggeriscono che i due virus condividessero un antenato comune 25-65 anni fa, una stima a cui arrivò combinando la differenza nei nucleotidi tra i virus con i tassi presunti di mutazione in altri coronavirus. Quindi probabilmente ci sono voluti decenni perché i virus simili a RaTG13 mutassero in 2019-nCoV.

La sindrome respiratoria del Medio Oriente (MERS), un’altra malattia umana causata da un coronavirus, ha allo stesso modo un legame con i virus dei pipistrelli. Ma gli studi hanno costruito un caso convincente che è salito agli umani dai cammelli. E l’albero filogenetico del documento bioRxiv di Shi (sotto) rende il collegamento cammello-MERS facile da vedere.

  

Più a lungo circola un virus in una popolazione umana, più tempo deve sviluppare mutazioni che differenziano i ceppi nelle persone infette, e dato che le sequenze 2019-nCoV analizzate fino ad oggi differiscono tra loro al massimo da sette nucleotidi, questo suggerisce che è saltato negli umani molto recentemente.

Ma rimane un mistero quale animale abbia diffuso il virus all’uomo.

“Esiste una vasta area grigia tra i virus rilevati nei pipistrelli e il virus ora isolato nell’uomo”,

…afferma Vincent Munster, un virologo del National Institute of Allergy and Malattie infettive degli Stati Uniti che studia i coronavirus nei pipistrelli, nei cammelli e in altre specie.

Prove evidenti suggeriscono che il mercato ha avuto un ruolo iniziale nella diffusione del 2019-nCoV, ma rimane incerto se sia stata l’origine dell’epidemia.

Molti dei casi 2019-nCoV inizialmente confermati - 27 dei primi 41 in un rapporto, 26 su 47 in un altro - erano collegati al mercato di Wuhan, ma fino al 45%, incluso il primo pugno, non lo erano. Ciò solleva la possibilità che il salto iniziale nelle persone sia avvenuto altrove.

(Jon Cohen)